Według stanu na 1.01.2012 r. w zasięgu terytorialnym Nadleśnictwa Borne Sulinowo występują następujące fragmenty obszarów Natura 2000:
· „Dolina Piławy" (PLH320025) – obszar mający znaczenie dla Wspólnoty,
· „Diabelskie Pustacie" (PLH320048) – obszar mający znaczenie dla Wspólnoty,
· „Puszcza nad Gwdą" (PLB300012) – obszar specjalnej ochrony ptaków.


„DOLINA PIŁAWY" PLH320025
Obszar o powierzchni 2204,30 ha, obejmuje fragment terenu dawnego poligonu w Bornem Sulinowie oraz dolinę rzeki Piławy na odcinku tzw. Zalewów Nadarzyckich (sztuczne rozlewiska utworzone przed II wojną światową jako część linii umocnień Wału Pomorskiego, obecnie bardzo cenne przyrodniczo i krajobrazowo).
Jest to niepowtarzalny w pasie Pojezierzy Pomorskich ciąg ekosystemów wodnych i torfowiskowych, związanych z rynną wytopiskową głęboko rozcinającą sandry starszego szlaku Piławy, co w wielu miejscach stanowi o dużych walorach krajobrazowych ostoi. Bardzo liczne i doskonale zachowane torfowiska cechuje duża zmienność wynikająca ze zróżnicowania morfologii wytopisk, w obrębie których powstały:od niewielkich, płaskodennych, dość płytkich obniżeń, po jeziora w głębokich kotlinach.
Liczne wytopiska to jeziora o sporym areale, jak: Młyńskie, Brzeźno, Kowal, Dudylany, Bagienne i Rybnik.
Bunkry pozostałe po umocnieniach Wału Pomorskiego stanowią zimowiska nietoperzy.
W obszarze występuje 15 typów siedlisk przyrodniczych, wymienionych w Załączniku I Dyrektywy Rady 92/43/EWG, z czego 10 typów o znaczeniu ogólnym A, B lub C, stanowi przedmioty ochrony.
Obszar jest ważny dla ochrony: wydry, bobra, nocka dużego, traszki grzebieniastej, skójki gruboskorupowej, trzepli zielonej, pływaka szerokobrzeżka, kreślinka nizinnego i 2 gatunków ryb z Załącznika II Dyrektywy Siedliskowej.

„DIABELSKIE PUSTACIE" PLH320048
Obszar SOO o powierzchni 3232,10 ha. W zasięgu Nadleśnictwa Borne Sulinowo fragment obszaru „Diabelskie Pustacie" zlokalizowany jest w jego południowo-wschodniej części, zajmując łączną powierzchnię 738,35 ha, czyli 22,8% ogólnej powierzchni SOO oraz 2,4% powierzchni zasięgu terytorialnego Nadleśnictwa.
Obszar obejmuje tereny dawnego poligonu "Borne Sulinowo" oraz przylegającą do niego rynnę rzeki Płytnicy z jeziorami. Na dawnym poligonie zachowały się rozległe przestrzenie bezleśne, pokryte wrzosowiskami. Część terenu została zalesiona, jednak znaczne powierzchnie wrzosowisk są świadomie i czynnie chronione (m. in. usuwanie nalotu drzew i krzewów).
Dla obszaru „Diabelskie Pustacie" odnotowano 13 rodzajów siedlisk z Załącznika I Dyrektywy Rady 92/43/EWG, w tym dla 10 wskazano ocenę znaczenia ogólnego A lub C. Przedmiotem ochrony są również 2 gatunki płazów i 1 gatunek bezkręgowców, znajdujących się w Załączniku II Dyrektywy Rady 92/43/EWG.

„PUSZCZA NAD GWDĄ" PLB300012
Obszar, o powierzchni 77678,90 ha, obejmuje rozległy kompleks leśny w większości borów sosnowych, a na dnie i zboczach dolin – lasów liściastych i mieszanych. Silnie
urozmaicona, postglacjalna rzeźba terenu przyczynia się do zróżnicowania siedlisk. Wokół jezior o powierzchni od kilku do kilkudziesięciu ha, utrzymują się rozległe torfowiska niskie, przejściowe i wysokie oraz tereny podmokłe. Jest to również obszar źródliskowy kilku rzek.
Znajdują się tu także połacie łąk, natomiast pola orne mają niewielki udział powierzchniowy.
Na terenie ostoi zachowały się umocnienia „Wału Pomorskiego" z lat 1934-1945 (Nadarzyce, Szwecja, Jastrowie) – potencjalne zimowiska nietoperzy. Na obszarze występują następujące formy ochrony: 7 rezerwatów przyrody, obszary chronionego krajobrazu: „Pojezierze Wałeckie i Dolina Gwdy" oraz „Dolina Noteci".
Na terenie obszaru chronione są: kania czarna, kania ruda, bielik, rybołów, puchacz, lelek, dzięcioł czarny, lerka, gągoł i nurogęś.
Obszar „Puszcza nad Gwdą" w zasięgu terytorialnym Nadleśnictwa Borne Sulinowo zajmuje powierzchnię 38,32 ha, czyli 0,1% powierzchni całego zasięgu terytorialnego Nadleśnictwa oraz 0,05% powierzchni obszaru. Znajduje się w południowej części Nadleśnictwa w oklicach Jeziora Busino Wielkie.